ルナ王国のサクヤの村に住む少女エリーナ。
エリーナは外に出ることが許されず、いつも屋敷の中にいた。
そこに怪我をした青い鳥がやってきて、エリーナは手当てをする。
それから少しして青い鳥がエリーナの元に遊びに来るようになり、エリーナは青い鳥に｢ビスク｣という名前を与え、毎日のように遊んだが、1年経とうかというとき、エリーナの誕生日の前日、ビスクはエリーナの元に現れなかった。
誕生日当日も姿を現さなかつたが、エリーナが心配しながらも信じて待っていると、夜、ビスクはエリーナの元にやって来た。
実は青い羽を持つこの鳥は、生まれてから二年経つ月の満月の日に、自分と自分以外の願いを一つずつ叶えられる力を持っていて、ビスクはエリーナの願いを叶えるために帰ってきたのだ。
そこでエリーナとビスクは｢相手と同じ姿になりたい｣と願った。
すると、エリーナはビスクと同じ鳥の姿に、ビスクはエリーナと同じ人間の姿になってしまった。
2人はすれ違ってしまったのだ。
このすれ違いを元に戻すために、ビスクの生まれ故郷、｢スカイランド｣を目指す。
ビスクの幼なじみのリンダや多くの鳥達と交流しながら仲を深めていくエリーナとビスク。
色々な思いが交錯する鳥と人間の愛の物語。
